مجموعة مكتبة TIANSeq DirectFast (إضاءة)

جيل جديد من تكنولوجيا بناء مكتبة الحمض النووي بدون معالجة مسبقة للتجزئة.

TIANSeq DirectFast Library Kit (illumina) هي مجموعة إعداد مكتبة DNA لمنصة تسلسل الإضاءة. تتبنى المجموعة عملية تفاعل من خطوة واحدة ، والتي لا تحتاج إلى خطوات تنقية متعددة. يمكن إجراء تفتيت الحمض النووي وإصلاح النهاية و dA-tailing في تفاعل إنزيمي أنبوب واحد. تم أيضًا تحسين كاشف تضخيم PCR الذي توفره المجموعة بشكل خاص لضمان أن تسلسل الحمض النووي الذي تم الحصول عليه عن طريق التضخيم له إنتاجية عالية وإخلاص جيد وعدم وجود تحيز أساسي.

قط. لا حجم التعبئة
4992259 24 آر إكس إن
4992260 96 آر إكس إن

تفاصيل المنتج

سير العمل

مثال تجريبي

التعليمات

علامات المنتج

سمات

■ انتظام التسلسل الجيد: لا يوجد تحيز أساسي في عملية تفتيت الحمض النووي وعملية تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل.
■ كفاءة تحويل عالية للمكتبة: يمكن ضمان إنشاء مكتبة عالية الكفاءة لـ 1 نانوغرام من عينات الحمض النووي.
■ تشغيل سريع: تستغرق عملية إنشاء المكتبة بأكملها 2.5 ساعة فقط.
■ فعال من حيث التكلفة: لا توجد حاجة إلى أدوات ومعدات خاصة。

تخصيص

نوع: إعداد مكتبة الحمض النووي لمنصة التسلسل عالية الإنتاجية illumina
عينة: DNA الجينومي أو DNA جزء كبير
استهداف: DNA مزدوج الشريطة
بدء إدخال عينة: 1 نانوغرام - 1 ميكروغرام
وقت العملية: 2.5 ساعة
تطبيقات المصب: التسلسل على منصة الإضاءة

يمكن تخصيص جميع المنتجات لـ ODM / OEM. للتفاصيل،الرجاء النقر فوق خدمة مخصصة (ODM / OEM)


  • سابق:
  • التالي:

  • product_certificate04 product_certificate01 product_certificate03 product_certificate02
    ×

    Workflow Workflow

    إدخال عينة مرن وحجم مجزأFlexible sample input and fragmented size الشكل 1. ملامح تفتيت الحمض النووي لوقت رد فعل مختلف. تم تجزئة 10 نانوغرام و 1000 نانوغرام من الحمض النووي باستخدام TIANSeq DirectFast DNA Library Kit. تمت تنقية نواتج التفاعل المعالجة بزمن تفاعل مختلف بواسطة كريات مغناطيسية 1.8 × Ampure XP وحللت بواسطة Angilent 2100.
    تغطية التسلسل مثل CovarisCovaris-Like Sequencing Coverage الشكل 2. مقارنة تغطية الجينوم لطرق إعداد المكتبة المختلفة. ثلاثة من الحمض النووي البكتيري بمحتويات مختلفة من GC هي مختلطة متساوية ، وتمت مقارنة 100 نانوغرام من مكتبات الحمض النووي المختلطة باستخدام هذه الطرق. تظهر النتائج أن مجموعة مكتبة TIANSeq DirectFast لها نفس التأثير على تجزئة الحمض النووي مثل القص الميكانيكي ، ولا يوجد تحيز أساسي للتجزئة.
    لا يوجد تحيز منهجي لما يصل إلى 1 نانوغرام إدخال DNANo Systematic Bias for As Low As 1 ng Input DNA الشكل 3. مقارنة تغطية الجينوم لطرق إعداد المكتبة المختلفة. ثلاثة من الحمض النووي البكتيري بمحتويات مختلفة من GC هي مختلطة متساوية ، وتمت مقارنة تسلسل تغطية الجينوم بمقدار 1 نانوغرام من مكتبات الحمض النووي المختلطة باستخدام هذه الطرق. تظهر النتائج أن TIANSeq DirectFast Library Kit لها تأثير تجزئة ثابت مع القص الميكانيكي حتى لإدخال الحمض النووي منخفضًا يصل إلى 1 نانوغرام ، ولا يوجد تحيز أساسي.
    قادرة على سير العمل الخالي من PCR

    Capable of PCR-Free Workflow

    الشكل 4. تم استخدام مدخلات مختلفة من الحمض النووي الجيني لبناء المكتبة عن طريق إنشاء مكتبة خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل أو تفاعل البوليميراز المتسلسل ، وتمت مقارنة نتائج تغطية الجينوم. تظهر النتائج أنه من خلال عملية الأنبوب الواحد وخطوات إنشاء المكتبة الفعالة ، تحافظ مكتبة الحمض النووي التي تم إنشاؤها باستخدام TIANSeq DirectFast Library Kit على اتساق عالٍ مع القص الميكانيكي في توزيع تغطية تسلسل الأجزاء لكل من سير العمل الخالي من PCR لتخصيب PCR.
     إحصائيات كفاءة بناء المكتبات والعائدStatistics of Library Construction Efficiency and Yield الشكل 5. نتائج التحليل الكمي للحمض النووي للمكتبة التي تم الحصول عليها بواسطة qPCR بعد بناء المكتبة بطريقة خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل للعينات بكميات بداية مختلفة (1 ، 10 ، 25 ، 50 ، 100 ، 500 ، 1000 نانوغرام). يوضح تحليل الانحدار الخطي أن إنتاجية المكتبة لها علاقة خطية جيدة في نطاق إدخال عينة واسع. بالنسبة لمدخلات الحمض النووي منخفضة تصل إلى 1 نانوغرام ، لا تنخفض كفاءة بناء المكتبة.

    مقارنة بيانات التسلسل للمنتجات المختلفة

    Comparison of Sequencing Data of Different Products

    س: ما هو التوزيع العام لأحجام الأجزاء في مكتبة NGS؟

    في الوقت الحاضر ، تعتمد تقنية التسلسل عالي الإنتاجية بشكل أساسي على تقنية تسلسل الجيل التالي. نظرًا لأن طول القراءة لتقنية تسلسل الجيل التالي محدود ، يجب علينا تقسيم التسلسل الكامل إلى مكتبات أجزاء صغيرة للتسلسل. وفقًا لاحتياجات تجارب التسلسل المختلفة ، نختار عادةً التسلسل أحادي الطرف أو التسلسل مزدوج النهاية. حاليًا ، يتم توزيع أجزاء الحمض النووي لمكتبة تسلسل الجيل التالي بشكل عام في نطاق 200-800 نقطة أساس.

    excel
    س: تركيز الحمض النووي للمكتبة المشيدة منخفض.

    أ) الحمض النووي رديء الجودة ويحتوي على مثبطات. استخدم عينات DNA عالية الجودة لتجنب تثبيط نشاط الإنزيم.

    ب) كمية عينة الحمض النووي غير كافية عند استخدام طريقة خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل لإنشاء مكتبة DNA. عندما يتجاوز إدخال الحمض النووي المجزأ 50 نانوغرام ، يمكن تنفيذ سير العمل الخالي من تفاعل البوليميراز المتسلسل بشكل انتقائي أثناء عملية بناء المكتبة. إذا كان عدد نسخ المكتبة منخفضًا جدًا بحيث لا يمكن إجراء تسلسل مباشر له ، فيمكن تضخيم مكتبة الحمض النووي بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل بعد ربط المحول.

    ج) يؤدي تلوث الحمض النووي الريبي (RNA) إلى تقدير غير دقيق للحمض النووي الريبي (DNA) وقد يوجد تلوث الحمض النووي الريبي في عملية تنقية الحمض النووي الجيني ، مما قد يؤدي إلى تقدير كمية غير دقيقة للحمض النووي وعدم كفاية تحميل الحمض النووي أثناء بناء المكتبة. يمكن إزالة الحمض النووي الريبي عن طريق العلاج باستخدام RNase.

    س: أظهرت مكتبة الحمض النووي نطاقات غير طبيعية في تحليل الرحلان الكهربائي.

    أ -1

    أ) تظهر شظايا صغيرة (60 نقطة أساس - 120 نقطة أساس) الشظايا الصغيرة عادة ما تكون شظايا محول أو ثنائيات مكونة من المحولات. يمكن للتنقية باستخدام حبات Agencourt AMPure XP المغناطيسية إزالة أجزاء المحول هذه بشكل فعال وضمان جودة التسلسل.

    ب) تظهر شظايا كبيرة في المكتبة بعد تضخيم PCR. سيزداد حجم جزء الحمض النووي للمكتبة بمقدار 120 نقطة أساس بعد ربط المحول. إذا زاد جزء الحمض النووي بأكثر من 120 نقطة أساس بعد ربط المحول ، فقد يكون ناتجًا عن تضخيم شظي غير طبيعي لتضخيم PCR المفرط. يمكن أن يؤدي تقليل عدد دورات PCR إلى منع الموقف.

    ج) الحجم غير الطبيعي لشظايا الحمض النووي للمكتبة بعد ربط المحول طول المحول في هذه المجموعة هو 60 نقطة أساس. عندما يتم ربط طرفي الجزء بالمحولات ، سيزداد الطول بمقدار 120 نقطة أساس فقط. عند استخدام محول غير الذي توفره هذه المجموعة ، يرجى الاتصال بالمورد لتقديم المعلومات ذات الصلة مثل طول المحول. يرجى التأكد من أن سير عمل التجربة والتشغيل يتبعان الخطوات الموضحة في الدليل.

    د) حجم غير طبيعي لجزء الحمض النووي قبل ربط المحول قد يكون سبب هذه المشكلة بسبب ظروف رد فعل خاطئة أثناء تجزئة الحمض النووي. يجب استخدام أوقات تفاعل مختلفة لإدخال DNA مختلف. إذا كان إدخال الحمض النووي أكثر من 10 نانوغرام ، فإننا نوصي باختيار وقت رد الفعل البالغ 12 دقيقة كوقت بدء للتحسين ، ويكون حجم الجزء الناتج في هذا الوقت بشكل أساسي في نطاق 300-500 نقطة أساس. يمكن للمستخدمين زيادة أو تقليل طول أجزاء الحمض النووي لمدة 2-4 دقائق وفقًا لمتطلباتهم الخاصة لتحسين أجزاء الحمض النووي بالحجم المطلوب.

    أ -2

    أ) لم يتم تحسين وقت التجزئة إذا كان الحمض النووي المجزأ صغيرًا جدًا أو كبيرًا جدًا ، فيرجى الرجوع إلى المبادئ التوجيهية لاختيار وقت التجزئة الواردة في التعليمات لتحديد وقت رد الفعل ، واستخدام هذه النقطة الزمنية كعنصر تحكم ، بالإضافة إلى إعداد نظام رد فعل لإطالة أو تقصير 3 دقائق لإجراء تعديل أكثر دقة على وقت التجزئة.

    أ -3

    توزيع حجم غير طبيعي للحمض النووي بعد علاج التجزؤ

    أ) طريقة إذابة غير صحيحة لكاشف التجزئة ، أو عدم خلط الكاشف بالكامل بعد الذوبان. قم بإذابة كاشف مزيج إنزيم التجزئة 5 × على الجليد. بمجرد الذوبان ، قم بخلط الكاشف بالتساوي عن طريق تحريك قاع الأنبوب برفق. لا تقم بتدوير الكاشف!

    ب) تحتوي عينة إدخال الحمض النووي على EDTA أو ملوثات أخرى يعتبر استنفاد أيونات الملح والعوامل المخلبية في خطوة تنقية الحمض النووي مهمًا بشكل خاص لنجاح التجربة. إذا تم إذابة الحمض النووي في 1 × TE ، فاستخدم الطريقة الواردة في التعليمات لإجراء التجزئة. إذا كان تركيز EDTA في المحلول غير مؤكد ، يوصى بتنقية الحمض النووي وتذويبه في الماء منزوع الأيونات للتفاعل اللاحق.

    ج) التقدير الكمي الأولي غير الدقيق للحمض النووي يرتبط حجم الحمض النووي المجزأ ارتباطًا وثيقًا بكمية إدخال الحمض النووي. قبل معالجة التجزئة ، يعد القياس الدقيق للحمض النووي باستخدام Qubit و Picogreen وطرق أخرى ضروريًا لتحديد الكمية الدقيقة للحمض النووي في نظام التفاعل.

     د) لا يتبع إعداد نظام التفاعل التعليمات. يجب أن يتم إعداد نظام التفاعل المجزأ على الجليد بدقة وفقًا للتعليمات. لضمان أفضل تأثير ، يجب وضع جميع مكونات التفاعل على الجليد ويجب إجراء تحضير نظام التفاعل بعد التبريد الكامل. بعد اكتمال التحضير ، يرجى النقر أو الماصة للخلط جيدًا. لا دوامة!

    س: ملاحظات مهمة عن TIANSeq DirectFast DNA Library Kit (Illumina) (4992259/4992260)

    1. طريقة الخلط غير الصحيحة (الدوامة ، التذبذب العنيف ، إلخ) سوف تتسبب في توزيع غير طبيعي لأجزاء المكتبة (كما هو موضح في الشكل التالي) ، مما يؤثر على جودة المكتبة. لذلك ، عند تحضير محلول تفاعل Fragmentation Mix ، يرجى الماصة بلطف لأعلى ولأسفل للخلط ، أو استخدم طرف الإصبع للنقر والخلط بالتساوي. احرص على عدم الاختلاط بالدوامة.

    excel

    2. يجب استخدام الحمض النووي عالي النقاء لبناء المكتبة

    ■ سلامة الحمض النووي جيدة: نطاق الرحلان الكهربائي أكثر من 30 كيلو بايت ، بدون مخلفات

    ■ OD260 / 230:> 1.5

    ■ OD260 / 280: 1.7-1.9

    3. يجب أن تكون كمية إدخال الحمض النووي دقيقة. يُقترح استخدام طرق Qubit و PicoGreen لتحديد كمية الحمض النووي ، بدلاً من Nanodrop.

    4. يجب تحديد محتوى EDTA في محلول DNA. إن EDTA له تأثير كبير على تفاعل التجزئة. إذا كان محتوى EDTA مرتفعًا ، فيجب إجراء تنقية الحمض النووي قبل الاختبار التالي.

    5. يجب تحضير محلول تفاعل التجزئة على الجليد. تكون عملية التجزئة حساسة لدرجة حرارة التفاعل والوقت (خاصة بعد إضافة المُحسِّن). من أجل ضمان دقة وقت التفاعل ، يرجى تحضير نظام التفاعل على الجليد.

    6. يجب أن يكون وقت تفاعل التجزئة دقيقًا. سيؤثر وقت رد الفعل لخطوة التجزئة بشكل مباشر على حجم منتجات الأجزاء ، مما يؤثر على توزيع حجم أجزاء الحمض النووي في المكتبة.

    س: ملاحظات مهمة لمجموعة مكتبة TIANSeq Fast RNA (Illumina) (4992375/4992376)

    1. ما هو نوع العينة المطبق على هذه المجموعة؟

    يمكن أن يكون نوع العينة المطبق من هذه المجموعة هو RNA الكلي أو mRNA المنقى مع سلامة RNA جيدة. إذا تم استخدام إجمالي الحمض النووي الريبي لإنشاء المكتبة ، فمن المستحسن استخدام مجموعة استنفاد الرنا الريباسي (Cat # 4992363/4992364/4992391) لإزالة الرنا الريباسي أولاً.

    2. هل يمكن استخدام عينات FFPE لإنشاء مكتبة باستخدام هذه المجموعة؟

    سوف يتدهور mRNA في عينات FFPE إلى حد معين ، مع تكامل ضعيف نسبيًا. عند استخدام هذه المجموعة لبناء المكتبة ، يوصى بتحسين وقت التجزئة (تقصير وقت التجزئة أو عدم إجراء التجزئة).

    3. باستخدام خطوة اختيار الحجم الواردة في دليل المنتج ، ما الذي قد يتسبب في ظهور انحراف طفيف في المقطع الذي تم إدخاله؟

    يجب أن يتم اختيار الحجم بما يتفق بدقة مع خطوة اختيار الحجم في دليل المنتج هذا. إذا كان هناك انحراف ، فقد يكون السبب هو أن الحبيبات المغناطيسية غير متوازنة مع درجة حرارة الغرفة أو لم تختلط تمامًا ، أو أن الماصة ليست دقيقة أو أن السائل بقي في الطرف. يوصى باستخدام النصائح ذات الامتصاص المنخفض للتجربة.

    4. اختيار المحولات في بناء المكتبة

    لا تحتوي مجموعة بناء المكتبة على كاشف محول ، ويوصى باستخدام هذه المجموعة مع محول TIANSeq أحادي الفهرس (Illumina) (4992641/4992642/4992378).

    5. مراقبة الجودة للمكتبة

    الكشف الكمي للمكتبة: يستخدم Qubit و qPCR لتحديد تركيز الكتلة والتركيز المولي للمكتبة على التوالي. العملية تتوافق بدقة مع دليل المنتج. سوف يلبي تركيز المكتبة بشكل عام متطلبات تسلسل NGS. الكشف عن نطاق توزيع المكتبة: استخدام Agilent 2100 Bioanalyzer لاكتشاف نطاق توزيع المكتبة.

    6. اختيار رقم دورة التضخيم

    وفقًا للتعليمات ، فإن عدد دورات PCR هو 6-12 ، ويجب تحديد عدد دورات PCR اللازمة وفقًا لإدخال العينة. في المكتبات عالية الإنتاجية ، يحدث التضخيم الزائد عادةً بدرجات متفاوتة ، والذي يتجلى من خلال ذروة أكبر قليلاً بعد ذروة النطاق المستهدف في اكتشاف Agilent 2100 Bioanalyzer ، أو أن التركيز المكتشف لـ Qubit أقل من تركيز qPCR. التضخيم الخفيف هو ظاهرة طبيعية لا تؤثر على تسلسل المكتبة وتحليل البيانات اللاحق.

    7. تظهر المسامير في ملف تعريف الكشف للمحلل الحيوي Agilent 2100

    إن ظهور المسامير في كشف Agilent 2100 Bioanalyzer هو بسبب التجزئة غير المتكافئة للعينات ، حيث سيكون هناك المزيد من الشظايا في حجم معين ، وسيصبح هذا أكثر وضوحًا بعد تخصيب PCR. في هذه الحالة ، يُقترح عدم إجراء اختيار الحجم ، أي ضبط حالة التجزئة على 94 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة حضانة ، حيث يكون توزيع الشظايا صغيرًا ومركّزًا ، ويمكن تحسين التجانس.

    اكتب رسالتك هنا وأرسلها إلينا